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近几年,单细胞测序是比较热门的研究方向。但是,理想很丰满,现实却很骨感。要做好单细胞测序,还要面临单细胞获取困难、起始量低、人工操作误差大的问题。
 
Takara推出单细胞测序的技术专题,从单细胞获取、到测序文库制备 ,“手把手”告诉大家怎么选择,尽可能使大家避开“雷区”,轻松得到准确的单细胞分析结果。同时这个专题全面覆盖单细胞转录组、单细胞全基因测序,单细胞免疫组库分析,帮助大家根据自己的需要更好的进行选择。
 
■ 怎么又多又快的获得想要的单细胞?
 
SMARTer ICELL8cx® Single-Cell System
 
获得单细胞有很多方法,常见的有手动挑选、激光显微切割、流式细胞分选等。但这些较为传统的方法,也因为繁琐、通量低、细胞活性差等缺点局限了研究人员对单细胞研究的深入探讨。SMARTer ICELL8cx® Single-Cell System能够对大部分细胞种类,简单、快速、准确挑选出1800个左右活的单细胞。并可根据不同的研究方向,在该系统上直接实现诸如Human TCR a/b profiling、全长转录组等测序文库的构建,打破了传统方法的局限性。
 
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■ 怎么保证低起始量下获得高品质文库?
 
「当您做单细胞转录组研究时」
低通量单细胞mRNA分析:SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
 
NGS技术的出现,使得对RNA的研究变得更为容易,但是对于单细胞进行转录组文库分析,如何获得高质量的全长cDNA一直是很具有挑战性的。Takara公司拥有核心专利SMART技术,在2011年即推出了可以高灵敏度在单细胞水平上分析差异表达、融合基因、可变剪接,并提供全长信息的cDNA制备试剂。而升级的SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing在原有基础上引入LNA技术,提升了模板转换效率,可以检测到比以往更多的基因。
 
较高通量单细胞mRNA分析:SMART-Seq® HT Kit
SMART-Seq® HT Kit旨在以较高通量的方式从1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA制备高品质的全长cDNA。通过整合为一步的RT和PCR反应,在4小时内便可获得双链cDNA??!
 
单细胞总RNA分析:SMART-Seq® Stranded Kit
在单细胞水平,想要满足编码RNA和非编码RNA在内的全部转录组分析,SMART-Seq® Stranded Kit是非常不错的选择。它足够灵敏,可以单细胞或微量RNA起始;它足够准确,可以保留链来源信息;它足够包容,降解样本,也能获得很好的转录组测序文库!
 
「当您做单细胞全基因组研究时」
单细胞全基因组扩增:SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit
 
对于单细胞全基因组的研究,仅含有皮克级DNA的单细胞来说,量少而难以直接进行文库构建。因此需要先对单细胞中的DNA进行高质量的扩增。SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit采用“随机引物引发线性扩增”+“发夹结构”在3小时内,仅需三步即可实现高再现性的全基因组扩增,在全球被IVF行业供应商信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。
 
单细胞DNA文库构建:SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
由于NGS技术的迅速发展,使得对单细胞全基因组研究更为广泛和成熟。不过目前对于单细胞全基因组的文库构建,更多的方法是先进行单细胞全基因组扩增,再进行DNA文库构建两步走的方式,整个操作复杂,稍有不慎就很可能需要重头再来,让人头痛不已。SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit,这款试剂盒将单细胞全基因组扩增和DNA文库构建两步整合在一起,只需四步三小时,便可完成单细胞到全基因组测序文库的华丽变身!
 
「当您做单细胞免疫组库研究时」
目前,对T细胞受体(TCR)的常用方法是对bulk细胞的TCR CDR3区域进行测序。而采用SMARTer® Human scTCR a/b Profiling Kit构建TCR文库的优势在于:可以对单个T细胞进行分析,确定T细胞群内特定的alpha-beta 受体链配对信息。这也是以bulk细胞为依托的传统研究手段所无法比拟的。
 
■ 怎么减少手动操作所带来的偏差?
 
SMARTer Apollo library prep system introduction
 
对于操作精度要求很高的单细胞层面分析,就算采用了优异的单细胞文库构建试剂,操作也很熟练,但在对多个样本进行同时分析时,难免会因为长时间手动操作所带来的偏差,使得样本间单细胞分析结果的准确性、一致性有所折扣。 为此,Takara公司推出的SMARTer Apollo library prep system introduction,在配套了SMART-Seq v4单细胞cDNA制备Kit后,可高效、可靠、自动化制备多达96个单细胞样品的cDNA用于后续的NGS分析,降低了手动操作时间,减少了实验误差,获得了更准确的结果。
 
 
 

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